A diferencia de las entidades bancarias tradicionales, donde el cliente recibe una rentabilidad por tener su dinero depositado en su cuenta, PayPal no ofrece ningún interés por este concepto, existiendo únicamente gastos a cargo del cliente cuando éste realiza ciertas transacciones (entre otras, mover dinero desde PayPal a una entidad bancaria, o recibir un pago de una venta realizada en eBay). Por otro lado, PayPal no garantiza personalmente ninguna operación, y el dinero de una transacción es recuperable sólo, única y exclusivamente si la otra parte está de acuerdo en ello.
Hay que destacar que en caso de envío de dinero por una compra en eBay, dispone de una política de protección al comprador, de hasta 2.500 USD (o equivalente en otra divisa), donde se cubren problemas de "Artículo no recibido" o de "Artículo muy distinto al descrito", incluyendo no solo el precio del artículo sino también los gastos de envío. Este tipo de protección solo es válida para determinadas compras donde no se incluyan, por ejemplo, artículos intangibles, servicios, vehículos, etc...